中心为处级机构，实行校、院二级管理。设立主任和常务副主任各1名，中心建设、管理、教学及科研工作由中心主任负责，中心常务副主任具体组织并实施。中心按实验功能分区建设和分级管理，做到分工明确，责任到人，使中心成为实验教学管理实体。中心所有实验资源面向全校师生开放，实现统筹调配，资源共享。

临床技能实验教学中心以临床医学专业为依托，学校在宏观规划建设与管理方面给予指导，实行中心主任责任制，聘任中心主任统一领导管理，实行“统一管理、统筹规划、资源共享、有效利用”的总体管理模式。实验教学中心主任按照人才培养目标的总体要求，按照中心定位和总体目标实施建设，全面负责实验教学中心的运行与管理；有利于实验教学资源在空间环境、实验设施、教学队伍、经费保证和运行管理方面的统一协调，提高管理水平和综合效益，保证了中心在国家级实验平台上的建设与发展。

为保障实验教学质量稳步提高和规范实验教学管理，中心贯彻执行国家教育部颁发的《高等学校实验室工作规程》和《高等学校仪器设备管理办法》，学校制定的一系列行之有效的规章制度，如《重庆医科大学实验教学管理中心实验室管理条例》、《重庆医科大学实验教学管理中心实验室安全管理办法》、《重庆医科大学实验教学管理中心实验室消防安全制度》、《重庆医科大学实验教学管理中心实验室开放管理暂行办法》、《重庆医科大学临床技能实验教学中心规章制度》等相关规定。同时，中心在实验室制定岗位设置、职责及考勤、考核，学生实验守则，仪器设备维护管理，实验室安全管理，资料及档案管理等方面建立一整套规章制度，并印制《重庆医科大学临床技能实验教学中心规章制度》。制定的管理制度以学生为本，规范化、人性化，以保证中心达到五个“一流”（即一流管理理念、一流人才队伍、一流服务意识、一流条件保障和一流教学质量）。

学校健全和规范了各项实验教学规章制度，严格管理，加强实验教学队伍建设，建立和完善了质量监控体系，成立了校、院两级教学管理督导专家组，坚持督查、调研、听课、反馈制度，对实验教学过程中出现的问题及时讨论解决，指导、监控实验教学质量。制定中心考核指标体系，有力保障实验教学质量与效果。有配套的教学文件、实验大纲、指导书和质量评定标准。对新开设实验项目实行检查、验收制，确保实验项目的先进性和适用性。同时加强实验教学过程的监督机制，实验教学与理论课程教学一样，都接受学校教务处或各开课学院的课程检查制度。

实验室队伍是教师队伍的重要组成部分，学校要求高水平教授参与实验教学，组建实验教学团队，突出实验教学的重要性。学校在实验老师队伍建设中，实施特殊进编政策，特别注意中心人员的学科专业、学缘优化，多种渠道、多种方式保障实验教学队伍建设，具体措施包括教师出国进修学习；国内高校实验室学习、交流；在职攻读学位；鼓励和支持实验教师参加教学改革和科学研究，增强实验教师队伍的活力和竞争意识。