根据《重庆医科大学缙云校区仪器设备管理办法》、《重庆医科大学缙云校区实验室仪器操作规程》、《重庆医科大学缙云校区仪器设备维修管理条例》、《重庆医科大学缙云校区低质易耗品管理细则》等规章制度的规定，中心结合学校规定和自身的特点，建立了实验室仪器设备详细的管理制度和措施（见《重庆医科大学临床实验教学中心规章制度》），以保障各种仪器和设备的正常运行。强调专人保管与维护，责任落实到人，运行效果良好。

中心内仪器设备实行开放运行管理，计划内教学任务服从教学计划安排，完成学生与授课教师的临床技能模拟培训任务，每天可开放时间不少于8小时。对于医学生多站考试期间和执业医师培训和考核期间实行阶段性全时开放或预约开放。中心在保证医学本科实验教学的前提下还向校内、外开放，开展人员培训，发挥示范作用。

2018-2022年，共投入1320万元人民币用于购置模型设备的维护与更新。学校及四所临床学院（第一、第二、第四临床学院和儿科学院）保证仪器设备维护维修经费，每年至少投入约100万人民币，并保证及时到位。中心定期（每学期）对仪器设备进行维护检查，所有设备仪器均由维保单位负责。